В далечното бъдеще , човечеството е колонизирана пространство. Кавги между хората ги кара да се раздели на два отделни фракции. МОС остане на Земята, но враговете си , наречена Helghast , са били заточени на друга планета . На тази планета , те са се променили форми и да стане нещо различно от човек. В крайна сметка, Helghast започне война срещу ISA , решен да си върне Земята от враговете си .
Area 51
Нещо се е провалило в тайна Площ на правителството 51 съоръжението. Итън Коул, оперативно био - опасност , е изпратено заедно със своя екип за извършване на разследване. Скоро той разбира, че смъртоносно вирус е бил освободен и съоръжението е пълно с порочни извънземни. Тъй като, ако това не е достатъчно на един проблем , има дори повече конспирации да бъдат открити по протежение на пътя .