Историята на Pokemon Heart Gold започва с геймърите се иска от характера известен като професор Elm да завърши важна задача за него. За да изпълни задачата , геймърите ще трябва да се пътува до най-далечните краища на митичния свят , Johto , в който приключението протича . По време на пътуването , геймърите се срещат различни препятствия и да отговарят на други знаци , някои, които са приятелски настроени и някои, които са врагове. Те също така се намират множество Покемон по протежение на пътя .
Ecruteak City
Преди достигането на камбанарията в Pokemon Heart Gold , геймърите трябва да пътуват до Ecrutek City. В Ecrutek City, играчите трябва да намерят и да влязат в залата за танци . Докато е там, геймърите ще трябва да се борят пет кимоно момичета наречени Zuki , Наоко , Miki , Sayo и Куни да спечелят важен елемент, който дава на играчите възможност да влезете в камбанарията . Побой на кимоно момичета изисква умения , защото играчите имат никаква възможност да се лекува или да превключвате между Покемон в битки.