отрицателно заредените атом служи като точка на привличане за водородния атом е посочена като донор на водородна връзка . След като двете молекули са достатъчно близо до съответства , донора издърпва електронен облак около водороден атом , оставяйки водороден атом, с леко положителен общ заряд . Както водород е много по-малък атом в сравнение с други видове молекули , си взаимодействат по този начин; получената промяна на заряд има висока плътност , образуване на водородната връзка
един пример: . вода
Един от най-често срещаните примери на водородно свързване настъпва между водните молекули (H2O ) . В един атом кислород намерени във вода съдържа две двойки електрони , създавайки по този начин две възможни места за свързване с водородния атом на друга молекула на вода . Това позволява всеки водна молекула на потенциално връзка с общо четири други водни молекули , което води до всяка от молекулите разраства като те имат електрони . Това е, което кара водата да има такава висока точка на кипене , като е необходима по-голяма температура, за да разкъсат връзките .