вещества като кост и дърво съдържат много фини пори , където водата може да проникне и да се разтварят в органичната материя , заменяйки я с минерали като силициев диоксид, който кристализира , когато водата се изпарява . Този процес се нарича permineralization . Според науката възпитател Mike Viney на Virtual вкаменено дърво музей , някои от естествената структура на костта или дърво може да остане и да стане част от матрицата на вкаменелост .
Silica
<Бразилски>
Според Университета на Калифорния музей палеонтология , минералната силициевият диоксид е в състояние да прониква и подмяна на меките тъкани. Вкаменелости от силициев диоксид често запазват структурната цялост на оригиналния растителен или животински материал чак до структурата на клетката , като учените много информация за характеристиките на организма.